Pin chính là 1 trong những điểm yếu trên cả phiên bản iPhone, ngay cả những phiên bản mới nhất như iPhone 6s và 6s Plus thời gian sử dụng cũng chỉ được khoảng 1 ngày. Vì thế khi iPhone SE ra mắt dung lượng pin sẽ là 1 trong những điểm được quan tâm nhiều nhất.
Cũng giống như các lần trước Apple thường rất hay bỏ ngỏ một số thông số của sản phẩm, thời lượng pin của iPhone SE cũng không được công bố tuy nhiên theo đánh giá của một số trang công nghệ thì thời lượng pin của iPhone SE không quá cao nhưng sẽ cho thời gian sử dụng nhỉnh hơn so với iPhone 6s và 5s
Bảng so sánh thời lượng pin của iPhone SE 6s và 5s
Theo đó thì pin iPhone SE nhỉnh hơn iPhone 6s khi xem video, duyệt web trong khi nghe nhạc và thoại trên 3G là tương tương nhau. Nhưng so với phiên bản 5s thì SE nhỉnh hơn khá nhiều.
Cũng giống như các lần trước Apple thường rất hay bỏ ngỏ một số thông số của sản phẩm, thời lượng pin của iPhone SE cũng không được công bố tuy nhiên theo đánh giá của một số trang công nghệ thì thời lượng pin của iPhone SE không quá cao nhưng sẽ cho thời gian sử dụng nhỉnh hơn so với iPhone 6s và 5s
Bảng so sánh thời lượng pin của iPhone SE 6s và 5s
| iPhone SE | iPhone 6s | iPhone 5s | |
| Audio | 50 | 50 | 40 |
| Video | 13 | 11 | 10 |
| Duyệt web Wi-Fi | 13 | 11 | 10 |
| Duyệt web LTE | 13 | 10 | 10 |
| Duyệt web 3G | 12 | 10 | 8 |
| Thời gian thoại 3G | 14 | 14 | 10 |
Theo đó thì pin iPhone SE nhỉnh hơn iPhone 6s khi xem video, duyệt web trong khi nghe nhạc và thoại trên 3G là tương tương nhau. Nhưng so với phiên bản 5s thì SE nhỉnh hơn khá nhiều.
